Edgar MC /pdf/ pdf giessen.de/cgi-bin/edgar.cgi giessen.de/cgi-bin/edgar.cgi Очень user-friendly

Для «Pan development plot» взял ALL_Chlamydia_trachomatis_L2-434-Buf_NC_ Chlamydia_trachomatis_A-363_NC_ ALL_Chlamydia_psittaci_01DC12_NC_ ALL_Chlamydia_trachomatis_F-SW5_NC_ ALL_Chlamydia_psittaci_VS225_chromosome_NC_ ALL_Chlamydia_psittaci_WC_chromosome_NC_ ALL_Chlamydia_trachomatis_K-SotonK1_NC_ ALL_Chlamydia_psittaci_84-55_chromosome_NC_ Chlamydia_trachomatis_strain_D-13-96_NC_ ALL_Chlamydia_trachomatis_D- LC_chromosome_NC_ Chlamydia_trachomatis_strain_F-2- 93_genome_NC_ ALL_Chlamydia_trachomatis_F-SW4_NC_ ALL_Chlamydia_psittaci_WS-RT- E30_chromosome_NC_018622

trachomatus psittacki

Дендрограмма для Chlamydia (png, newick) 6U2F2SDhLb2FSZ00/view?usp=sharing 6RWV2MXkzVGZnN3M/view?usp=sharing

AAI (average amino acid identity ) (MEAN values) Между psittacki и trachomatis ~68% идентичных АК. NC_020939, NC_020944, NC_020966, NC_017437, NC_ ,00 % идентичных АК NC_017434, NC_ ,00 % идентичных АК NC_020971, NC_020511, NC_ ,00 % идентичных АК …

+ можно считать, сколько генов входят в «core genome», pan genome выборки, узнать, какие конкретно это гены.