Щучье озеро, подарившее свое название заказнику, упоминается еще в документах XVII века. Во времена шведского господства озеро с окрестностями, дикая и незаселенная территория, входило в состав коронного парка Хаукиярви (от финского названия Haukijärvi, Щучье озеро). Есть свидетельства, позволяющие предположить, что дичь из этого парка доставлялась непосредственно к королевскому двору.

Поселок Келломяки (Комарово), в непосредственной близости от которого располагается сейчас заказник, обязан своим появлением Финляндской железной дороге, открытой в 1870 году. Первые столичные дачники появились в этих местах в 1890-х, владельцами участков становились банкиры, купцы, фабриканты, артисты, врачи. В 1901 году была построена железнодорожная платформа Келломяки. С тех пор Щучье озеро, расположенное к северу от поселка всего в трех с половиной километрах от платформы, становится известным местом отдыха, уступая по популярности из окрестных ландшафтов разве что морскому побережью.

С 1918 года поселок входил в состав Финляндии, а в 1940 году, после Зимней войны, вместе с большей частью Карельского перешейка отошел к СССР. Сразу после Великой Отечественной войны в Келломяках строятся дачи для действительных членов Академии Наук СССР, уцелевшие особняки передаются деятелям советской науки и культуры, военным. В 1948 году поселок Келломяки был переименован в Комарово в честь выдающегося ботаника, президента Академии наук СССР В. Л. Комарова. Уже к середине 50-х годов Комарово становится ухоженным дачным поселком, местом отдыха ленинградской творческой интеллигенции. Здесь жили и творили Анна Ахматова, Дмитрий Шостакович, Иосиф Бродский, Федор Абрамов и многие другие, чьи имена составляют гордость отечественной науки, культуры и искусства.

В послевоенные десятилетия все прилегающие к Финскому заливу территории осваиваются и развиваются, строятся дачи, здравницы, расширяется дорожная сеть. Все больше отдыхающих появляется и на Щучьем озере. На занесенных камовых холмах в его окрестностях ежегодно устраиваются лыжные трассы, летом озеро каждый день посещается сотнями человек.

Для сохранения ландшафтов и растительных сообществ, редких видов растений и животных в 2011 году постановлением Правительства Санкт- Петербурга был образован заказник «Озеро Щучье».

Чертово озеро Вместе с озером в его границы вошла большая часть крупнейшего цельного лесного массива в пределах Санкт-Петербурга. Круто- склонные камы, или камовые холмы, разбросанные по территории память о последнем, валдайском, оледенении. С камами соседствуют понижения и котловины, в одной из таких котловин располагается само Щучье озеро. Леднику обязано своим появлением и озеро Дружинное (его также называют Чертовым) небольшое, но глубокое озеро в северо-западной части заказ- ника. Примечательный гидрологический объект, озеро служит местом обитания редкого водного растения полушника озерного, занесенного в Красную книгу Российской Федерации.

Высокие верхние части камовых холмов занимают сухие сосновые боры. Здесь развит сплошной покров из зеленых мхов, нередко с примесью лишайников. В более влажных местах, на склонах и в понижениях, встречаются еловые леса. Среди них участки редких для Санкт-Петербурга старовозрастных чернично-сфагновых ельников. В камо- вых котловинах вблизи Щучьего и Дружинного озер можно встретить небольшие болотца, в основном верхового и переходного типа

Всего на территории заказника отмечено свыше 400 видов сосудистых растений, относящихся к 83 семействам. К редким для Карельского перешейка обитателям сухих сосновых лесов относятся козелец низкий, осока шариконосная, зимолюбка зонтичная. Встречаются нетипичные для региона широколиственные древесные породы дуб черешчатый, лещина обыкновенная и другие. На верховых и переходных болотах, кроме обычных кустарничков и травянистых видов, отмечены осока обедненная, очередник белый и росянка английская. Из водных видов наиболее часто встречаются кубышка желтая и кувшинка снежно-белая

На территории заказника обитает свыше 70 видов птиц. Постоянно присутствуют лесной хорь, лисица, заяц- беляк, горностай, можно встретить куницу. Из копытных на территорию заказника заходит лось.

Управление заказником осуществляет государственное казенное учреждение «Дирекция особо охраняемых природных территорий Санкт- Петербурга», подведомственное Комитету по природопользованию, охране окружающей среды и обеспечению экологической безопасности.