Расположен в западных предгорьях Южного Урала, в горно-лесном поясе, в пределах Бурзянского района.

Общая площадь га Название происходит от башкирских слов «Шульган» («опустилась», «провалилась», «исчезла») и «Таш» («камень»). Заповедник был создан в 1958 году как Прибельский филиал Башкирского заповедника, а 16 января 1986 года стал самостоятельным заповедником. Основанием для организации заповедника было обитание в этом регионе ядра чистокровной аборигенной популяции среднерусской медоносной пчелы бурзянской бортевой пчелы

Основная цель создания – охрана аборигенной популяции башкирских диких пчел (единственный в мире заповедник, охраняющий аборигенных пчел); а также охрана горно-таежных экосистем предгорий Южного Урала. Кроме того, в пределах заповедника находится одна из известнейших карстовых пещер мира – Каповая, и ряд других крупных пещер. Климат умеренный континентальный, резко изменчивый по годам, осадков от 270 до 750 мм. Рельеф низкогорный. Смешанные широколиственные и хвойно-широколиственные леса занимают 92 процента территории. Заповедник является природоохранным, научно-исследовательским и эколого-просветительским учреждением. В заповеднике в условиях искусственных дупел бортей и колод обитает 138 семей пчёл, на пасеках 242 семьи, бортничеством по совместительству занимаются госинспектора охраны. Насущной проблемой является охрана генофонда пчелы от метизации, к которой привел ныне запрещенный ввоз в регион инопородных пчел.

В заповеднике встречаются: рыбы 30 видов, земноводные 5, пресмыкающиеся 6, птицы 206, млекопитающие 61 вид. Беспозвоночных выявлено около 1700 видов, из них бабочек 378, жуков 458. В Красную книгу РФ занесён 31 вид животных, в Красную книгу Башкортостана - 67 видов. Здесь обитают все типичные лесные виды средней полосы России. Необычно велика плотность обитания бурого медведя. Разнообразна фауна птиц. Есть и проблемы: в регионе идет вытеснение европейской норки. Ввиду потепления климата, строительства Юмагузинского водохранилища на реке Белой все более ухудшаются условия обитания реофильных рыб тайменя, форели, хариуса.