Primate molecular divergence dates. Steiper ME and Young NM Molecular Phylogenetics and Evolution 41, , 2006.
пароль для архива со статьями
Доказательства эволюции приспособленность признаков к условиям среды? НЕ-приспособленность (субоптимальность)! гомология = невынужденное сходство иерархичность распределения признаков
Иерархичность
эволюция должна быть преимущественно дивергентной бинарные признаки (для простоты) дивергентная эволюция = отсутствие конфликтов Т. о попарной совместимости: дивергентная эволюция ведет только к иерархическому распределению (без конфликтов) Если признаков и видов много, а эволюции нет, то конфликты - норма Иерархичность
хорда => инвертир. глаза => челюсти => 4 ноги и легкие => амнион => шерсть и молоко бедные иерархии: птицы – клювы, нет зубов, перья, нет молока, эритроциты с ядрами, правая дуга аорты; млекопит. – наоборот. морские млекопитающие – только хищники и копытные Примеры иерархического распределения
Nikaido et al. PNAS 1999
Galili and Swanson PNAS 1991
наименьшее расстояние (distance-based methods), кластеризация быстро проблемы наибольшая экономия (parsimony-based methods) если нет гомоплазий – это ПРАВИЛЬНОЕ дерево если есть гомоплазии - медленно maximum likelihood (ML) – обобщение экономии Подходы к построению филогений
Nikaido et al. PNAS 1999
если часы – то легко поляризация аутгруппы (древо жизни?) Как укоренить дерево?
Nikaido et al. PNAS 1999
Aguinaldo et al. Nature 1997
Aguinaldo et al. Nature 1997 Wolf et al. 2004
Irimia et al. 2007
Aguinaldo et al. Nature 1997 Wolf et al Irimia et al Rogozin et al. 2007
Aguinaldo et al. Nature 1997 Wolf et al Irimia et al Rogozin et al. 2007
W.F.Doolittle 2000 Sci Am
2001 Nature
Jukes-Cantor model Models of nucleotide substitutions
Jukes-Cantor model Models of nucleotide substitutions
Jukes-Cantor model Models of nucleotide substitutions
Jukes-Cantor model Models of nucleotide substitutions Haubold and Wiehe 2006 Introduction to Computational Biology: an Evolutionary Approach p.176
Jukes-Cantor model Models of nucleotide substitutions Haubold and Wiehe 2006 Introduction to Computational Biology: an Evolutionary Approach p.176 Kimura 2-parameter model
К след. лекции: