Исполнитель студент группы 517 Третьяков Никита Научный руководительпрофессор Халатур П.Г.

Введение

Задачи Провести моделирование 2-х, 3-х и 4-х цепочек (VAL-THR) 6 в случаях параллельной и антипараллельной ориентации Посмотреть, происходит ли образование вторичных структур. Если такие структуры образуются, то выяснить, стабильны ли они на времени МД- эксперимента Сделать статистику по количеству элементов вторичной структуры в файлах МД-траектории. На основании этой статистики сделать вывод о присутствии различных мотивов вторичных структур на МД-траектории

Явный учёт растворителя Неявный учёт растворителя Явный и неявный учёт растворителя

Параллельный и антипараллельный β- листы Основная цепь полипептида вытянута зигзагообразно. Несколько цепей могут быть упакованы плечо к плечу, и, сформировать структуру, представляющую собой серию складок

Получение и начальная конформация цепочек Цепочки собирались в модуле PROTEIN из пакета TINKER, начальная конформация достигалась с помощью модуля MINIMIZE из пакета TINKER 2 цепочки 3 цепочки 4 цепочки

МД - эксперимент amber 96 схема неявного учёта воды SASA (с подобранными параметрами гидрофобности / гидрофильности) NVT – ансамбль, T = 300 К термостат Берендсена алгоритм интегрирования Верле ПГУ 100 Å х 100 Å х 100 Å радиус обрезки потенциалов 45 Å 2 антипараллельные цепочки 3 параллельные цепочки 4 антипараллельные цепочки 4 параллельные цепочки

Анализ вторичных структур H tot - total number of Alpha HelixesG tot - total number of 3-10 Helixes I tot - total number of PI-HelixesE tot - totl number of Extended conformations B tot - total number of Isolated BridgesT tot - total number of Turns C tot - total number of None of the above

Что было сделано? Написана программа для подсчёта статистики по МД-траектории Изучены цепочки (VAL-THR) 6

Что планируется делать дальше? Вместо конецевых групп (–NH 2 ) и (–CO-CH 3 ) пришить к концам цепочек тиофеновый блок и ПЭО