Работа с программой The Swiss-PdbViewer Работу выполнила студентка 5курса гр. ФФ07-14С Почебыт Н.П.

Начало работы Загрузка файлов Меню File содержит следующие команды: Open PDB File Open mmcif File Open MOL File Import

Загрузка некоординатных файлов Open Text File Run Script Open Surface Open Electrostatic Potential Map Open Electron Density Map

Сохранение данных Layer Project Save Selected Residues mmcif молекулярные координаты

Сохранение данных некоординатные файлы Surface Electrostatic Potential Sequence (FASTA) Alignment Ramachandran Plot Values

Сохранение данных изображения Image Stereo Image POV3 Scene Mega POV scene

Закрытие программы The Swiss-PdbViewer Discard Close, Close All Layers Exit

Основные команды The Swiss-PdbViewer

2. Перевод, масштабирование и вращение молекул 1. Центрирование молекул Работа с инструментами

3. Измерение расстояний между атомами 4. Измерение углов связей

5. Измерение двухгранных углов 6. Выявление групп и атомов

7. Отображение / выбор группы в радиусе взятого атома 8. Центрированный вид подобранного атома

Работа с меню Edit меню Rename Current Layer Rename Selected HETATMs Fix Atoms Nomenclature

Select меню 1. Основной выбор All None Inverse Selection Visible groups Pick on screen Extend to other layers Groups with same color as

2. Выбор групп по типу Ala (A) [...] Val (V) G, A, T, C, U HETATM Solvent SS-bonds

3. Выбор групп по свойствам Basic Acidic Polar non-Polar

4. Выбор групп по вторичной структуре Helices Strands Coils non-TRANS aa aa with Phi/Psi out of Core Regions aa with Phi/Psi out of Allowed Regions

5. Выбор групп по относительным ссылки aa identical to ref aa similar to ref. aa matching ref. structure

6. Выбор групп по расстоянию Neighbors of selected aa Groups close to another chain Groups close to another layer

7. Выбор групп по структурным критериям Accessible aa aa Making Clashes aa Making Clashes with Backbone Sidechains lacking Proper H- bonds Reconstructed amino-acids

Display меню 1. Команда Views Save Reset Delete

2. Настройки стиля Group Name Atom Name Atom Type Atom Charge Atom Code (GROMOS 96)

Color меню 1. Первый блок By CPK By Type By RMS By B-Factor By Secondary Structure By Secondary Struct. Success.

2. Второй блок By Selection By Layer By Chain

3. Третий блок By Alignment Diversity By Accessibility By Threading Energy By Force Field Energy By Protein Problems

4. Четвертый блок By Other Color By Backbone, Sidechain, Ribbon, Surface, Label Color

Специальные команды Просмотр файлов PDB Навигация в текстовых файлах Ctrl + Помощь

Использование панели управления Панель управления

Изменение активного слоя

Отображение поверхностей VDW ::v Accessible ::a Molecular ::m User ::u

Окраска молекулы Col В+S Col B Col S Col R Col L Col U

Просмотр / перемещение слоя

Использование окна об информации слоев Настройка изображения слоев vis mov axis CA O H Hbnd Hdst Side HOH cyc