PSI – BLAST Position-Specific Iterated BLAST. PSI – BLAST: назначение для поиска удаленных белков или новых представителей семейств если простой BLAST.

Презентация:



Advertisements
Похожие презентации
Программа MEME Множественное локальное выравнивание
Advertisements

Особенности построения коммуникаций в организации.
BLAST Что такое выравнивание Выравнивание 2х последовательностей BLAST на NCBI: –Что это такое –Как выбрать правильную программу –Как выбрать правильную.
BLAST: Basic Local Alignment Search Tool. BLAST – алгоритм для нахождения участков локального сходства между последовательностями. Алгоритм сравнивает.
Эволюция семейства белков Эволюционные домены и их выравнивание.
Семейства белков Паттерны и профили I курс, весна 2009, О.Н. Занегина.
Пример1 Мир
"Кровь, это сок совсем особый« (Гёте). Цели: Систематизировать знания по теме«кровь и кровообращение», расширить представление о белках на примере белковых.
Решение задач биоинформатики при помощи веб - и интернет - сервисов.
Эволюция семейства белков Эволюционные домены и их выравнивание.
ОСОБЕННОСТИ ПРОВЕДЕНИЯ ПАТЕНТНОГО ПОИСКА ПО БИОТЕХНОЛОГИЧЕСКИМ ОБЪЕКТАМ: РЕСУРСЫ ИНТЕРНЕТ, БАЗЫ ДАННЫХ НУКЛЕОТИДНЫХ И БЕЛКОВЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ Брагарник.
Анализ аминокислотной последовательности: паттерны, домены, семейства … или что, где и как искать?
11 «А» класс В поисках профессии.
Быстрые пути эволюции белков. Домен. БД PFAM, InterPro. Четвертый семестр, занятие 6, 2010, А.Б.Рахманинова.
Молекулярный филогенез. ancestor descendant 1 descendant 2 Предположение: жизнь - монофилетична Любые два организма имеют общего предка в прошлом.
Парные выравнивания биологических последовательностей А.Б.Рахманинова, С.А.Спирин 2008 (продолжение)
АЛГОРИТМЫ ТОИ-ИМ 3 базовые управляющие алгоритмические структуры Решение Цикл Последовательность Непосредственное выполнение одно- го действия за другим.
Нелинейное программирование Практическое занятие 5.
ПростыеСложные
Блок 3. Семейства белков I. Множественное выравнивание Первый курс, весна 2008, А.Б.Рахманинова.
Транксрипт:

PSI – BLAST Position-Specific Iterated BLAST

PSI – BLAST: назначение для поиска удаленных белков или новых представителей семейств если простой BLAST не справляется и много находок "hypothetical protein" и "similar to..."

PSI – BLAST: как работает 1 ая итерация : обычный белок - белковый BLAST Построение PSSM на основе множественного выравнивания для последовательностей с E-value

PSSM в PSI-Blast: особенности На каждой итерации можно включать / исключать последовательности в PSSM вручную PSSM созданная на основе одной БД может быть использована для поиска по другой БД

ПРИМЕР

ПРИМЕР Найденные последовательности с E-value0,005

ПРИМЕР Новые последовательности с E-value

ПРИМЕР Новых последовательностей не прибавилось – поиск сошёлся !