Анализ опубликованных последовательностей SOIV (апрель-май 2009 г.)
Состояние на :00 мск 1490 случаев в 21 стране 57 штаммов из 11 стран США – 22 Канада – 9 Мексика – 7 Испания – 4 Италия – 4 Израиль – 4 Новая Зеландия - 3 Германия – 1 Швейцария – 1 Нидерланды – 1 Дания – 1
Полностью секвенированы геномы: A/California/04/2009 (выделен ) A/California/06/2009 (выделен ) A/Mexico/4604/2009 (выделен ) A/New York/18/2009 (выделен ) A/Canada-ON/RV1527/2009 A/Mexico/InDRE4487/2009
Характеристика HA Идентичность нуклеотидных последовательностей секвенированных штаммов составляет 98,8% Вариабельные позиции в аминокислотных последовательностях: L32I (два испанских штамма), S83P (большинство штаммов из Калифорнии), S203T (все штаммы из Нью-Йорка).
Характеристика HA Наибольшее сходство (95%) с A/swine/Indiana/P12439/00 (H1N2) – типичный представитель североамериканской линии «свиного гриппа» (с 1999 г.) - тройной реассортант - 26 ак замен A/Wisconsin/10/1998 (H1N1) (92%) – тройной реассортант (полимераза – от человека (PB1) и птицы (PB2, PA)) – 20 ак замен (в неполной последовательности) (Из Olsen, 2002)
Сравнение с A/Brisbane(H1N1)-подобными штаммами Гомология со штаммом А/Brisbane/59/2007 (H1N1), рекомендованным ВОЗ в качестве вакцинного, по последовательности НА составила 79% Отличия 103 аминокислотных замены >30 из них в антигенных сайтах >20 из них существенны инсерция 1 а.о. (K) между 129 и 130 А/Brisbane/59/2007 появление сайта гликозилирования в положении A/California/4/2009NSTNVTNGTNTTNGT A/Brisbane (H1N1) likeNSTNVTNGTDAK (Нет!) NGT
Сравнение с A/swine/New Jersey/11/76 Гомология HA штаммов А/California/04/09 и А/Texas/05/09 с HA штамма A/swine/New Jersey/11/76, составляет 90% Отличия 35 аминокислотных замен 14 из них – в антигенных сайтах
Характеристика NA Идентичность нуклеотидных последовательностей секвенированных штаммов составляет 94,2% Вариабельные позиции в аминокислотных последовательностях: S95G (A/California/06/2009), V106I, N248D (все штаммы из Нью-Йорка и Огайо).
Характеристика NA Наибольшее сходство (94%) с A/Swine/England/195852/92 (H1N1) – представитель евразийской линии «свиного гриппа». N1 свиная птицеподобная (avian-like) A/Thailand/271/2005 (H1N1) (90%) – возбудитель заболевания у 4-летнего мальчика (ринорея, миалгия, повышенная температура тела). Все сегменты генома от евразийской линии «свиного гриппа», кроме NS (от североамериканской).
Сравнение с A/Brisbane(H1N1)-подобными штаммами Гомология со штаммом А/Brisbane/59/2007 (H1N1), рекомендованным ВОЗ в качестве вакцинного, по последовательности НА составила 77,3% Отличия 87 аминокислотных замен делеция 1 а.о. T436del A/Brisbane/59/2007
Strain AvianF/LEAATIVVAENYK Sw/Eng/92FETVKIVVSENNK Brevig/18VGDTIMTITKDNR Human, oldVGDTIMTITKDNR Swine, oldIGDTIMIITKDNR Human, newVGDTTMTITTNDR Swine, newIGDTIMIITKDNR SOIV 2009FGSVKIVVSENNK Location:St SISSSISIS Reid A. H., Fanning T. G., Janczewski T. A. Taubenberger J. K. Characterization of the 1918 Spanish influenza virus neuraminidase gene // Proc. Natl. Acad. Sci. USA Vol. 97. P