UGENE Workflow Designer: вычислительные конвейеры в биоинформатике Грехов Герман Новосибирский центр информационных технологий УНИПРО НГУ, ФИТ
UGENE
Бесплатный Мультиплатформенный (С++, Qt) Тысячи пользователей по всему миру Команда 8-10 человек –Средний возраст
Платформа
Workflow Designer
Более 70 элементов Модель данных Внутренний язык программирования Workflow Designer
Действия над данными Типизация Модель данных
Интерфейс базы данных – СУБД SQLite Модель данных
UGENE Workflow Language (UWL) Dataflow Вычислительные элементы – Конструкции языка – Стандартная библиотека – Библиотека пользователя Синтаксис – Графический – Текстовый
Графический синтаксис
Текстовый синтаксис
Пользовательская библиотека Добавление сторонних инструментов Элементы Javascript
Сторонние программы
Javascript
Визард
Привязан к конкретной схеме Написан на UWL
Распределенные вычисления Перспективы
BOSC13 Интеграция с динамическими языками – Python – Ruby – Node.js
Спасибо за внимание! UGENE*: – – Унипро: – – Герман Грехов: – *[Okonechnikov K.; Golosova O.; Fursov M.; the UGENE team.Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit Bioinformatics : ]