Самая сложная экологическая проблема города – влияние на окружающую среду автомобильного транспорта. Ежегодно с отработавшими газами в атмосферу поступают вредные вещества; автомобиль – один из главных факторов шумового загрязнения; дорожная сеть, особенно вблизи городских агломераций, «съедает» ценные сельскохозяйственные земли. Объем выбросов загрязняющих веществ в атмосферный воздух от автотранспортных средств в 2012 году составил 507,3 тыс.т (Для сравнения: при расчете выбросов от передвижных источников в зависимости от расхода сожженного моторного топлива – 695,1 тыс. т; (2011 год – 742,1 тыс.т.).
Доля отраслей экономики в сбросе сточных вод в поверхностные воды Республики Башкортостан в 2012 году.