Скачать презентацию
Идет загрузка презентации. Пожалуйста, подождите
Презентация была опубликована 11 лет назад пользователемgovernment.fizteh.ru
1 Моделирование Нелинейной Взаимосвязи Между Генами на Основе Функции «Копула» Григорьев Д. НИУ ВШЭ, кафедра фондового рынка и рынка инвестиций Кескинбаев А. НИУ ВШЭ, институт развития образования. Львов Н. НИУ РГУ Нефти и Газа им. И.М. Губкина Никитин А. ФГУП ГНЦ РФ ИТЭФ, лаборатория атомно-масштабных исследований Пеникас Г. НИУ ВШЭ, кафедра математической экономики и эконометрики
2 Развитие геномных проектов Число проектов по секвенированию генома, по данным GOLD Число и количество геномных проектов экспоненциально растет Размер собранных данных превышает террабайты Необходима обработка, оптимизация и проведение аналитических исследований Этап перевода накопленной информации в разряд знания
3 Генные сети Генная сеть - группа координированно работающих и взаимодействующих между собой генов, контролирующих формирование фенотипических признаков организмов на основе информации, закодированной в геномах Основные задачи в рамках работы с генными сетями ПостроениеВизуализацияАнализ работы
4 Математическое моделирование генных сетей Систематизация информацииАнализ больших массивов информацииПонимание принципов структурной организацииПонимание механизмов функционированияЗадачи реконструкции генных сетейОценка влияния мутаций на генные сети
5 Линейные модели Уровень активности гена в определенный момент времени t, определяется суммой активностей остальных генов в предыдущий момент времени, взятых с весами в соответствии со степенью их влияния на интересующий ген Основное препятствие: колоссальный рост числа необходимых для описания сети уравнений с ростом числа генов. Число состояний в которых находятся гены будет пропорционально возрастать как с увеличением числа самих генов, так и с увеличением среднего числа взаимодействий приходящихся на один ген
6 Баесовские сети Байесовские сети - графические структуры для представления вероятностных отношений между большим количеством переменных и для осуществления вероятностного вывода на основе этих переменных. Применимость: декомпозируемость систем, знание свойств элементов и связей между ними Параметры влияющие на эффективность метода упорядоченность входных данных адекватное задание меры связи между узламинеобходимость независимости распределения случайных величинбольшие временные затраты в случае разветвленных сетейНевозможность использования замкнутых циклов в моделируемых сетях Chen X et al. Bioinformatics 2006;22: Генная сеть, отвечающая за жизненный цикл клетки дрожжей, апостроенная на основе БС
7 Копула. Понятие и применение R – многомерная случайная величина F – значение ее функции распределения в Многомерная теорема Шкляра утверждает, что существует С: Тогда функция С будет называться копулой и будет определяется как где и- частные CDF
8 Копула. Понятие и применение Копула – вероятностная функция нескольких переменных, позволяющая связать частные одномерные распределения в одно совместное многомерное. Частные распределения - гауссовскиеКопула - гауссовская Совместное распределение - гауссовское +
9 Преимущества использования копул при моделировании генных сетей Копула ГауссовскаяСтьюдента Частное распределение Гауссовское Гамма
10 Перспективы Выбор пула наилучших копул и применение иерархических моделей «копула» для задач секвенирования генома Предложение услуги генотипирования (формулирование характеристики генома клиента), с перспективой формирования единой базы Развитие data mining алгоритмов при извлечении информации из медицинских баз данных
11 Благодарю за внимание!
Еще похожие презентации в нашем архиве:
© 2024 MyShared Inc.
All rights reserved.