Анализ белковой последовательности Анализ только аминокислотную последовательность (первичную структуру) белка без боковых цепей. Предсказание физико-химических. - презентация

1 Анализ белковой последовательности Анализ только аминокислотную последовательность (первичную структуру) белка без боковых цепей. Предсказание физико-химических параметров белка Предсказание продуктов расщепления протеазами Гидрофобные, гидрофильные участки: например, трансмембранные сегменты Пост-трансляционные модификации Функциональные домены, принадлежность к функциональным семействам Фолдинг Клеточная локализация

2 Анализ белковой последовательности The ExPASy server – протеомика The Swiss EMBnet – coiled-coil участки, выравнивания и др. The CBS Prediction Servers – локализация, пост-трансляционные модификации…

3 ProtParam - предсказание физико-химических параметров белка

4 ProtParam Молекулярный вес Аминокислотный состав Extinction coefficient – коэффициент поглощения (280 nm) Instability (менее 40 – хорошо) – нестабильность в эксперименте (test tube, статистика дипептидов) Half-life (yeast in vivo, mammalian reticulocytes in vitro, Escherichia coli in vivo) Алифатический индекс Grand average of hydropathicity (GRAVY) гидрофильность – (-), гидрофобность – (+)

5 Compute pI/Mw

6 PeptideMass

7 PeptideMass - output

8 PeptideCutter

9 PeptideCutter - output

10

11 Метод скользящего окна Анализируется последовательность в несколько аминокислот, параметр усредняется по окну. Значение приписывается средней аминокислоте. Output – график Seq. LQAPVLPSDLLSWSCVGAVGILALVSFTCV Window 1 Window 2 Window 3 Размер окна должен соответствовать характерному размеру анализируемого свойства (для ТМ – 19!) Методы, основанные на технике скользящего окна, как правило, не интерпретируют результаты. При интерпретации важно: Учитывать только очень четко выраженные сигналы Не зависящие от параметров программы – размера окна, конкретного метода и т.п.

12 Предсказание трансмембранных сегментов: ProtScale 56 аминокислотных шкал (с литературными ссылками), скользящее окно -> выбор ширины окна

13 ProtScale - output

14 Более сложное предсказание трансмембранных сегментов: TMHMM Transmembrane beta barrel prediction: PROFtmb ( ); PRED-TMBB ( TBBPred ( )

15 TMHMM - результаты TMHMM предсказывает сегменты, а также топологию межсегментных участков Находит только 7! TMs