UGENE Workflow Designer: вычислительные конвейеры в биоинформатике Грехов Герман Новосибирский центр информационных технологий УНИПРО НГУ, ФИТ. - презентация

1 UGENE Workflow Designer: вычислительные конвейеры в биоинформатике Грехов Герман Новосибирский центр информационных технологий УНИПРО НГУ, ФИТ

2 UGENE

3 Бесплатный Мультиплатформенный (С++, Qt) Тысячи пользователей по всему миру Команда 8-10 человек –Средний возраст

4 Платформа

5 Workflow Designer

6 Более 70 элементов Модель данных Внутренний язык программирования Workflow Designer

7 Действия над данными Типизация Модель данных

8 Интерфейс базы данных – СУБД SQLite Модель данных

9 UGENE Workflow Language (UWL) Dataflow Вычислительные элементы – Конструкции языка – Стандартная библиотека – Библиотека пользователя Синтаксис – Графический – Текстовый

10 Графический синтаксис

11 Текстовый синтаксис

12 Пользовательская библиотека Добавление сторонних инструментов Элементы Javascript

13 Сторонние программы

14 Javascript

15 Визард

16 Привязан к конкретной схеме Написан на UWL

17 Распределенные вычисления Перспективы

18 BOSC13 Интеграция с динамическими языками – Python – Ruby – Node.js

19 Спасибо за внимание! UGENE*: – – Унипро: – – Герман Грехов: – *[Okonechnikov K.; Golosova O.; Fursov M.; the UGENE team.Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit Bioinformatics : ]