Решение задач биоинформатики при помощи веб - и интернет - сервисов
Введение Общие сведения о биоинформатике Области применения биоинформатики Техническое обеспечение Основные ресурсы и базы данных Понятия веб - и интернет - сервисов Форматы данных, применяемых в биоинформатике Примеры использования Парное выравнивание. Поиск гомологов. BLAST Поиск данных (DATA MINING)
Биоинформатика 1. математические методы компьютерного анализа в сравнительной геномике ( геномная биоинформатика ) 2. разработка алгоритмов и программ для предсказания пространственной структуры белков ( структурная биоинформатика )
Основные области исследований Анализ генетических последовательностей Обработка гигантского количества данных, получаемых при секвенировании, является одной из важнейших задач биоинформатики Аннотация геномов Вычислительная эволюционная биология
Введение Общие сведения о биоинформатике Области применения биоинформатики Техническое обеспечение Основные ресурсы и базы данных Понятия веб - и интернет - сервисов Форматы данных, применяемых в биоинформатике Примеры использования Парное выравнивание. Поиск гомологов. BLAST Поиск данных (DATA MINING)
Крупнейшие ресурсы по биоинформатике National Center for Biotechnology Information база данных первичных структур ДНК и аминокислотных последовательностей. Protein Data Bank банк данных пространственных структур белков и нуклеиновых кислот PubMed база данных статей по биологии и медицине
Инструментарий. Интернет - сервис Для работы требуется компьютер с установленной программой. Программе для своей работы нужен доступ к Сети
Инструментарий. Веб - сервис Весь необходимый функционал реализован на сайте, который предоставляет сервис. Пользователю достаточно любого устройства с экраном и выходом в Сеть
Формат FASTA FASTA- формат – это определенная форма записи последовательностей, с которой работает большая часть программ для анализа геномных последовательностей. >gi| |gb|AAD | cytochrome b [Elephas maximus maximus] LCLYTHIGRNIYYGSYLYSETWNTGIMLLLITMATAFMGYV LPWGQMSFWGATVITNLFSAIPYIGTNLV
Формат CRUSTAL gi| |gb|MAGKAISKGKS gi| |gb|MAGKAIGKGKT *******. ****: Знаком «*» обозначены совпадения последовательностей, знаками «:» и «.» - разные степени эволюционного сходства
Введение Общие сведения о биоинформатике Области применения биоинформатики Техническое обеспечение Основные ресурсы и базы данных Понятия веб - и интернет - сервисов Форматы данных, применяемых в биоинформатике Примеры использования Парное выравнивание. Поиск гомологов. BLAST Поиск данных (DATA MINING)
Выравнивание последовательностей парное выравниваются две последовательности множественное выравниваются несколько последовательностей Глобальное выравнивание Локальное выравнивание
Выравнивание. Постановка задачи. ACF ( белок NS2B вируса клещевого энцефалита штамма Primorye) и AAQ , тот же белок родственного ему вируса омской геморрагической лихорадки. ACF > MAGKAILKGKGGGPPRRVSKETAKKTRQRMVQMPNGLVLKRI MEILWHAMVGTARSPLLK AAQ > MAGKAILKGKGGGPPRRVSKETAKKTRQSRVRMPNGLVLMRM MGILWHAVAGTARSPVLK
Введение Общие сведения о биоинформатике Области применения биоинформатики Техническое обеспечение Основные ресурсы и базы данных Понятия веб - и интернет - сервисов Форматы данных, применяемых в биоинформатике Примеры использования Парное выравнивание. Поиск гомологов. BLAST Поиск данных (DATA MINING)
Введение Общие сведения о биоинформатике Области применения биоинформатики Техническое обеспечение Основные ресурсы и базы данных Понятия веб - и интернет - сервисов Форматы данных, применяемых в биоинформатике Примеры использования Парное выравнивание. Множественное выравнивание. BLAST Поиск данных (DATA MINING)