Курсовая работа студента 445 группы А. В. Алеева Научный руководитель: ассистент кафедры информатики Н. И. Вяххи 2011. - презентация

1 Курсовая работа студента 445 группы А. В. Алеева Научный руководитель: ассистент кафедры информатики Н. И. Вяххи 2011

2 За последние годы биология начала превращаться в науку, «богатую данными». Существует множество приложений, обеспечивающих доступ к геномной информации и работе с ней, но зачастую они недостаточно удобны, либо предоставляют недостаточно широкую функциональность.

3 Одной из основных областей биоинформатики является аннотация геномов. Примеры задач: Исследователя может интересовать, какие гены находятся в хромосоме или ее части. Потеря части данных о нуклеотидной цепочке при установке кариотипа пациента.

4 Обзор существующих решений задачи о получении информации о последовательности нуклеотидов по ее местоположению в геноме человека Добавлении данной функциональности в рамках проекта Genome Query

5

6 Преимущества: Наглядное представление результатов работы сервиса. Недостатки: Отсутствие информации об экзонах и интронах.

7

8 Преимущества: Огромное количество геномной информации. Текстовый вид результатов работы позволяет легче использовать их для дальнейших исследований, есть возможность записи в файл. Недостатки: Создание запроса является трудоемким. Результат работы сложно разобрать без дополнительной обработки.

9

10

11 Преимущества: Возможность масштабирования картинки Недостатки: Отсутствие информации об экзонах и интронах

12 Все сервисы имеют свои преимущества, но и недостатки. Отсутствие возможности автоматизировать создание запросов сужает круг решаемых задач, либо затрудняет их. Принято решение добавить в проект Genome Query возможность получения информации о последовательности нуклеотидов по ее местоположению в геноме человека.

13 o Требуется обеспечить по заданной позиции быстрый доступ к геномной информации, относящейся к этой позиции. o Создание структуры:

14

15

16

17 Сделан обзор существующих решений описанной задачи. Реализовано собственное решение. В дальнейшем планируется добавление визуализации результатов для более наглядного представления, тщательное тестирование.