Обзор функциональных возможностей Vector NTI Подготовил: Кликич Евгений Николаевич, студент 4 курса.

Введение Vector NTI Suite – это удобный набор программных инструментов, предназначенных главным образом для анализа последовательностей.

Введение Vector NTI разработан для специалистов в области молекулярной биологии и позволяют изучать, визуализировать, манипулировать, конструировать биологические молекулы, а также хранить и предоставлять доступ к информации об этих молекулах.

С помощью Vector NTI можно: Осуществлять поиск в базе данных молекул и энзимов; Разрабатывать стратегию рекомбинации и соответствующие протоколы; Симулировать гель-электрофорез, анализировать результаты эксперимента; Анализировать и манипулировать ДНК, РНК и белковыми молекулами; Создавать или импортировать молекулы, энзимы, олигонуклеотиды, добавлять описание и дополнительную информацию;

Некоторые функциональные возможности Vector NTI Подбор праймеров и ПЦР Симулятор гель-электрофореза Конструирование молекул

Интерфейс Vector NTI Область специфического инструментария Область текста (эта область содержит текстовую информацию проделанной работе) Графическая область Строка меню Панель последовательностей

Инструменты Vector NTI и Интернет Средства Vector NTI помогают сформировать информационный запрос и адресовать его некоторым публичным WWW-серверам, также можно организовывать поиск информации с помощью системы BLAST, анализировать и выравнивать последовательности.

Инструменты Vector NTI и Интернет Vector NTI откроет в Web- браузере форму запроса, сформированную для BLAST Search сервера. Эта форма – шлюз между Vector NTI и BLAST Search сервером, она содержит опции, позволяющие нам настроить различные параметры поиска в BLAST.

Инструменты Vector NTI и Интернет Сервер уведомит нас о постановке нашего запроса в очередь и предложит некоторое время подождать.

Инструменты Vector NTI и Интернет По истечении времени, указанного в ответе сервера необходимо нажать на клавишу Format. Откроется новая страница с описанием молекулы в формате GenBank.

Инструменты Vector NTI и Интернет Далее загружаем результаты поиска в программу Vector NTI В результате в Vector NTI откроется уже знакомое нам Display window с информацией о новой молекуле.

Конструирование молекулы DNA выполняется по следующей схеме: Выбор и описание фрагментов молекулы; Создание списка фрагментов, описывающего целевую молекулу (Goal Molecule Definition List); Вызов соответствующего инструмента и собственно конструирование молекулы. Конструирование молекул

Описание молекулы может быть импортировано из GenBank, EMBL, FASTA; Для описания молекулы может быть использована последовательность из какого-либо текстового файла; Молекула может быть разработана по правилам встроенной в Vector NTI базы биологических знаний. Конструирование молекул

Сформулируем задачу Конструирование молекул Конкретный пример: Наша задача – создать новую молекулу на базе клонирования гена устойчивости к тетрациклину из pBR322 в pUC19, используя сайты рестрикции EcoRI и AvaI в pBR322, EcoRI и SmaI в pUC19.