Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, gold standard белковой аннотации. Аннотация выполнена вручную группой профессиональных экспертов на основе экспериментальной информации, описанной в научных статьях. Организована в 1986 году – SIB+EBI+PIR+GU = prof. Amos Bairoch На сегодняшний день – Release последовательностей Анализ белковых последовательностей: Swiss-Prot

UniProt DB UniProt = Swiss-Prot + TrEMBL (Translated EMBL sequence database) TrEMBL – Release sequences

Поиск белка в Swiss-Prot (по названию)

Advances search

Результаты

Выборка гомологичных белков

Сохранить в FASTA формате

Стандартная запись Swiss-Prot

Стандартные поля: entry, name, origin Название записи, уникальный идентификатор (ID), предыдущие идентификаторы соответствующей записи, даты первой и последней модификаций, распространенное название белка и его синонимы (EC номер для ферментов), название гена, организм и его таксономия, уровень подтверждения

NiceZyme (ферменты)

Taxonomy Browser

Ссылки на статьи, использованные для аннотации

Комментарии

Продолжение

Возможные разделы Комментариев

Cross-References

регистрация

3D-Structure (список структур)

Reactome

Полиморфизмы

2D GEL + курсор

Cross-References

GO terms Определение термина, синонимы, родительские (Hierarchy) и дочерние термины, ключевые слова, дата последней модификации

Cross-References, Keywords

KEGG

KEGG (pathway viewer)

DrugBank

Keywords

Словарь ключевых слов

Feature Table

Координаты в Feature table

Feature table, продолжение

Feature Table, продолжение Только экспериментальные

Feature Table viewer (Sequence Element viewer)

Feature aligner Можно построить множественное выравнивание подмножества этих элементов (ClustalW) или скопировать их в FASTA формате

Sequence

Sequence, продолжение

FASTA format Программа FASTA (1988, WR Pearson & DJ Lipman): >(the definition line)_уникальный_ID + короткое описание ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ БЕЛКА (ИЛИ ДНК) В ОДНОБУКВЕННОМ КОДЕ RAW format – без definition line

NiceProt view