Развитие цветка резухи Таля двойная кластеризац ия – на генах и на условиях

Экспрессия (уровень работы) генов Цикл развития малярийного плазмодия

Yeast protein interaction network Data from the high- throughput two-hybrid experiment (T. Ito, et al. PNAS (2001) ) The full set containing 4549 interactions among 3278 yeast proteins 87% nodes in the largest component The highest connected protein interacts with 285 others! Figure shows only nuclear proteins

Белок-белковые взаимодействия в дрожжах: P(k) и размеры связных компонент

Гигантская компонента в графе белок- белковых взаимодействий в дрожжах Красный – летальная мутация Оранжевый – медленный рост Желтый – неизвестно Зеленый – нелетальная мутация

Transcription regulatory network in bakers yeast Downloaded from the YPD database: 1276 regulations among 682 proteins by 125 transcription factors (10 regulated genes per TF) Part of a bigger genetic regulatory network of 1772 regulations among 908 proteins Positive to negative ratio 3:1 Broader distribution of out-degrees (up to 72) and more narrow of in- degrees (up to 21)

регуляция транскрипции (дрожжи, ChIP-chip) A: in-degree (относительно регулируемых генов): гистограмма (в полулогарифмических координатах) количества промоторов с заданным числом регуляторов– экспоненциальное распределение (у большинства генов мало регуляторов). Пустые кружки – случайный граф В: out-degree (относительно факторов): гистограмма количества факторов, связывающих заданное количество промоторов – scale-free

Transcription regulatory network in Homo Sapiens Data courtesy of Ariadne Genomics obtained from the literature search: 1449 regulations among 689 proteins Positive to negative ratio is 3:1 (again!) Broader distribution of out-degrees (up to 95) and more narrow of in-degrees (up to 40)

Transcription regulatory network in E. coli Data (courtesy of Uri Alon) was curated from the Regulon database: 606 interactions between 424 operons (by 116 TFs) Positive to negative ratio is 3:2 (different from eukaryots!) Broader distribution of out-degrees (up to 85) and more narrow of in-degrees (only up to 6 !)

зависимость физиологических и геномных свойств от топологии дрожжи: –~10% генов с 60% генов с >15 связями обязательны гены с большим числом связей –с большей вероятностью имеют ортологов в многоклеточных эукариотах –ближе к ортологам из C. elegans

party hubs и date hubs Бимодальное распределение корреляций уровня экспрессии –Красный: hubs –Голубой: non-hubs –Черный: случайный граф Party hubs: сам и соседи ко-экспрессируются (комплексы) Date hub: нет корреляции в уровнях экспрессии (сигнальные пути)

Регуляторный каскад R – транскрипционная регуляция Х – ко-экспрессия

Субъединицы факторов транскрипции R – транскрипционная регуляция Р – белок-белковое взаимодействие Н – гомология

Регулоны R – транскрипционная регуляция Р – белок-белковое взаимодействие Х – ко-экспрессия Н – гомология

Ко-экспрессия в комплексах Р – белок-белковое взаимодействие Х – ко-экспрессия

Регуляция транскрипции у эукариот

Pmar1 over express HesC morpholino

starfish and sea urchin fate maps are similar