Магистр 1-ого курса Асанова Анастасия Андреевна « СИБИРСКИЙ ФЕДЕРАЛЬНЫЙ УНИВЕРСИТЕТ» Институт фундаментальной биологии и биотехнологии Кафедра биофизики.

Презентация:



Advertisements
Похожие презентации
Красноярск, 2012 магистр 1-ого курса Асанова Анастасия Андреевна « СИБИРСКИЙ ФЕДЕРАЛЬНЫЙ УНИВЕРСИТЕТ» Институт фундаментальной биологии и биотехнологии.
Advertisements

Моделирование в программе Swiss-PDB Viewer NADH:FMN-оксидоредуктаза Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего профессионального.
Магистр 1-ого курса Асанова Анастасия Андреевна « СИБИРСКИЙ ФЕДЕРАЛЬНЫЙ УНИВЕРСИТЕТ» Институт фундаментальной биологии и биотехнологии Кафедра биофизики.
Красноярск, 2013 Под руководством : О. С. Сутормин Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего профессионального образования.
Ингибиторный анализ влияния глицерина на сопряженную ферментную систему NADH:FMN- оксидоредуктаза-люцифераза Федеральное государственное автономное образовательное.
1 Гамильтониан N-атомной молекулы Оператор Гамильтона молекулы с N ядрами и n электронами имеет вид: Индексы и принадлежат атомным ядрам, а индексы i и.
Молекулярный уровень Химическая организация клетки 9 класс. 11 сентября 2014.
Урок 3 Основное уравнение МКТ. Цель урока: Установить взаимосвязь между макроскопическими и микроскопическими параметрами Научиться решать вычислительные.
Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего профессионального образования «СИБИРСКИЙ ФЕДЕРАЛЬНЫЙ УНИВЕРСИТЕТ» Институт фундаментальной.
Поворотная или конформационная изомерия Органическая химия 11 класс Органическая химия 11 класс И. Жикина.
Лекция 2. Волновые свойства электронов. Рассеяние электронов на молекулах. Основные принципы газовой электронографии Физические методы исследования в химии.
Информационное моделирование Понятие модели Виды моделей Реализация моделей на компьютере.
Алканы: гомологический ряд, изомерия и номенклатура алканов. МБОУ СОШ 99 г.о. Самара Предмет: Химия Класс: 10 Учебник: О.С. Габриелян, 2007г. Учитель:
Уравнение Ми-Грюнайзена Выполнила: Пятницкая Д., гр Научный руководитель: Кузькин В. А.
Электроны в атоме. Орбитали Маслов А.С., Штремплер Г.И. Кафедра химии и методики обучения Института химии Саратовского государственного университета им.
Структура магнитного поля и радиоизлучение пятенного источника в активной области Т. И. Кальтман, В. М. Богод, А. Г. Ступишин, Л. В. Яснов Санкт –Петербургский.
Кинематика движения тела в поле тяжести Земли Преподаватель: Александр Александрович Пономарев, к.ф.-м.н., научный сотрудник ГНЦ ФГУП «Центр Келдыша» г.
Модели – уравнения квантовой механики. Модели – уравнения квантовой механики. Методы численного исследования: метод функционала плотности, метод Хартри-Фока.
Курс лекций: Основы Вакуумной Техники 5 лекция Максквелловское распределение, Длина свободного пробега и Деление Вакуума по Степеням Деулин Евгений Алексеевич.
Лекция 3: Элементы зонной теории твердого тела Разрешённые и запрещённые по энергии зоны в кристаллах. Расщепление атомных уровней в зоны. Металлы, диэлектрики.
Транксрипт:

магистр 1-ого курса Асанова Анастасия Андреевна « СИБИРСКИЙ ФЕДЕРАЛЬНЫЙ УНИВЕРСИТЕТ» Институт фундаментальной биологии и биотехнологии Кафедра биофизики Красноярск, 2012

ФМН6,7-диметил-8-(1-D-рибитил) люмазина Цель: исследовать структурные и энергетические характеристики ФМН и 6,7-диметил-8-(1-D-рибитил) люмазина методами молекулярной механики. Задачи: 1) Выполнить оптимизацию структуры ФМН и 6,7-диметил-8-(1-D- рибитил) люмазина методами молекулярной механики; 2) Измерить и сравнить структурные свойства систем, полученных при оптимизации различных начальных геометрий молекулы ФМН, друг с другом и с рентгеноструктурными данными и 6,7-диметил-8-(1-D- рибитил) люмазином; 3) Определить наиболее устойчивую конформацию молекулы ФМН.

Вычислительная химия исследование свойств и структуры молекул посредством компьютерных расчетов. Метод молекулярной механики является наиболее простым: атомы - материальные точки связаны независимыми пружинками взаимодействия описываются классическими потенциальными функциями

MM+ учитывает потенциальные поля, формируемыми всеми атомами рассчитываемой системы АМBER учет всех атомов по отдельности, либо объединение в группы с одинаковыми свойствами

Приближение Борна-Оппенгеймера

ПО для расчета ПО для расчета HyperChem. ( Банк данных Банк данных ChemSpider (

ФМНФМН оптимизир. ФМН с изм. хвостом Длина связи 1,5 Угол 109,4114,6116,5 Торсионный угол 60,079,479,7 Энергия 164,845,345,8 Таблица 1. Сравнение параметров ФМН разных конформаций (MM+)

ФМНФМН оптимизир. ФМН с изм. хвостом Длина связи 1,5 1,6 Угол 109,5112,7111,2 Торсионный угол 60,065,8124,6 Энергия 229,220,536,9 Таблица 2. Сравнение параметров ФМН разных конформаций (Amber2)

Таблица 3. Сравнение параметров 6,7-диметил-8-(1-D-рибитил) люмазин (Amber2) люмазинлюмазин оптимизир люмазин с изм. хвсом Длина связи 1,5 1,6 Угол 109,5111,9112,7 Торсионный угол 180,0178,4146,4 Энергия 86034,220,512,3

1) Плоская структура ФМН имеет одинаковые параметры при расчете в обоих полях, а углы и длины связей различаются незначительно 2) Результат после оптимизации и после изменения положение хвоста молекулы люмазина сильно различается; 3) Оптимизированная структура ФМН в свободной конформации из банка данных имеет более выгодные с энергетической точки зрения параметры, чем ФМН из комплекса с люциферазой; Значит в активном центре ФМН находится в конформации, не отвечающей минимуму энергии.