Поисковые системы SRS, MRS, Expasy, Entrez О.Н.Занегина. - презентация

1 Поисковые системы SRS, MRS, Expasy, Entrez О.Н.Занегина

2 Стартовая страница другие сервера SRS быстрый поиск Основная страница поиска SRS Авторы: T.Etzol с соавт.srs.ebi.ac.uk EMBL, потом LionBioscience,

3 Начало поиска : Library Page Список банков данных, в которых можно искать Всплывающая подсказка про каждую базу данных PDB в этом свёрнутом разделе Форма для поиска SRS

4 Страница поиска : Query Form где ищемчто ищем соединяем логическими операторами ставить ли * в конце запроса Какие столбцы будут в конечной таблице Список значений полей SRS

5 Логические операторы Операторзначениепримеррезультат &ANDи phosphorylase & methyltransferase белки, обладающие обеими функциями одновременно |ORилиrat | mouse мышь и крыса !BUTNOTно неnitrogenase ! reductase нитрогеназы, не являющиеся редуктазами (mammalia|aves)!chicken - звери и птицы, но не курица * - замена любого числа символов: tr*psin trypsin В конце каждого запроса по умолчанию стоит * (Use wildcards включено) mus* mus, mustard, musa… SRS

6 Страница поиска : Query Form Ищем: трипсин у мыши SRS

7 Страница результатов : Query Results запрос Параметры отображения результатов Обработка результатов Записи в html Записи в txt SRS

8 Поля (fields) и их заполнение

9 Описание полей (fields) Соответствие полям из Swissprot Список индексированных значений SRS

10 Список индексов (browse index) По запросу mus* в поле Organism выдается список индексированных организмов, начинающихся на mus и количество записей, где они встречаются SRS

11 MRS Стартовая страница Авторы Hekkelman M.L., Vriend G.

12 Поиск Case insensitive – регистр не важен * проставляется только вручную Логические операторы AND (&), OR (|) и NOT (!) надо вписывать вручную Неизвестная буква обозначается «?» «-» не буква Поиск по конкретному полю прописывается в строке поиска: «ac:P1234* os:bovine » MRS

13 Результаты поиска trypsintrypsin ! inhibitor ?

14 MRS Информация о полях

15 ExPASy

16

17 Entrez

18 История SRS