Доступные режимы моделиров ания First approach mode: выравнивание целевых последовательностей и шаблонов Optimise mode: представление запросов как modeling-projects. - презентация

1

2 Доступные режимы моделиров ания First approach mode: выравнивание целевых последовательностей и шаблонов Optimise mode: представление запросов как modeling-projects от DeepView Oligomer modeling: моделирование multimeric proteins GPCR mode: Модели 7 трансмембранных спиральных части с G-белковым рецептором

3

4 SwissModel>Load Raw Sequence –загрузка целевой последовательности FastA file File>Import - загрузка целевой последовательности SWISS-PROT file

5 Скачивание выбранного ExPDB файла, его сохранение и открытие через Deep View BLAST оценка Нажав Detail видим цель / детали шаблона выравнивания. Экспериментальные данные: метод и разрешение Ссылка на PDB, записи о PDB веб-сайтах Описание белков SwissModel>Find Appropriate ExPDB Templates

6 Edit>Blast Selection vs. ExPDB: result list Выберите один присоединенный код чтобы скачать файл Finding homologous templates Finding homologous templates Edit>Blast Selection vs. ExPDB

7 - click Fit>Magic Fit and Fit>Generate Structural Alignment - click Fit>Iterative Magic Fit (структурное выравнивание будет выполнено автоматически) Целевая последовательность Шаблоны Целевая последовательность Унифицированные шаблоны

8 Click Fit>Fit Raw Sequence для генерации последовательности согласованной между целью и шаблоном Это обеспечит ЦП с предварительной 3D-структурой, нужной для дальнейшей корректировки и лучшего согласования Создание предварительная 3D-структуры для цели

9

10 Внимание разрыв Удален пробел Оригинальный разрыв Перемещенный разрыв

11 Длинные связи соответствуют пробелам в последователь ности-мишени Глобальны е потоки энергии. Фланговые пробелы в энергии аминокислотных последовательностей. Нахождение разрыва ниже нулевого уровня

12 SwissModel>Submit Modelling Request: Swiss-Model Optimise Mode Адрес Вашей электронной почты, имя и название проекта Скопируйте первую строку в текстовое поле или нажмите кнопку Browse, чтобы выбрать ваш проект Before submitting the modeling-projectAfter submitting the modeling-project

13

14

15

16

17 Обеспечивает быстрое отображение реального времени и высокую частоту кадров рендеринга Наиболее подходящий режим для прямого работы В этих режимах можно применять все команды DeepView, включая все вычислительные и установочные инструменты

18 Display>Use OpenGL Rendering and Display>Render in solid 3D Preferences > Surfaces: Preferences > Ribbons: Preferences > 3D Rendering

19 Нажмите Display>Stereo View :включения и выключения стерео визуализации Swiss-PdbViever поддерживает три различных режима стерео: red and blue, side by side, and hardware stereo

20 Перекрывание изображений отображаются на дисплее. Красное изображение поворачивается -2 градуса вокруг вертикальной оси, а синее изображение - +2 градуса Preferences>Stereo Display Очки

21 Оба изображения слегка наклоненный влево, каждый глаз будет видеть несколько иную сторону объекта и мозг будет сочетать в себе два изображения в 3D-объект Настройка Stereoscopic View Settings - разделение, в пикселях: чем дальше друг от друга изображения, тем труднее поддерживать 3D - угол поворота в градусах

22 Режим выше / ниже стерео (Above/Below, АВ): двойная вертикальная синхронизация экрана: первая половина экрана (слева) освещается,изображение восходит к верхней части экрана и отображает в нижней части уже справа. Изображения отображаются попеременно на экране с очень высокой частотой Истинное стерео OpenGL: различные буфера экрана для левого глаза и правого глаза; переключение выполняет графическая карта при отправке соответствующего сигнала на излучатель Нет потери разрешения экрана

23

24

25

26

27

28

29

30

31

32

33

34

35

36

37

38 For using BLAST and importing PDB files, you must define the Web server:

39

40

41