Отношения между мажоритарными акционерами: Государство в лице Росимущества и Ростехнологии и структуры подконтрольные братьям Абрамовичам преследовали, каждый со своей стороны одну цель- консолидацию под своим контролем наибольшего(контрольного) пакета акций во вновь создаваемом холдинге, при том что Крас Эйр, как основа холдинга до консолидации находилась под контролем государства(51%) а после объединения доля последнего снизится до 31-42% в холдинге и контроль над компанией перейдет братьям Абрамовичам. Понятно, что такое размывание пакетов акций государству было невыгодно и вместо активно развивавшейся компании получилась убыточная, погрязшая в долгах и неэффективная структура. Хотя, впоследствии, решением сторон холдинг был объявлен подконтрольным государству, такой проект стал малопривлекателен инициаторам его создания Абрамовичам. Попытка государства искусственно усилить контроль за счет вливания госпакетов акций убыточных компаний встретила жесткий отпор со стороны частных акционеров. В свою очередь частные акционеры попытались привлечь капитал путем облигационного займа без учета мнения Росимущества, и эта попытка также увязла в судебных разбирательствах.

Отношения между акционерами и Советом директоров: Совет директоров фактически представляли два человека: Мишарин и Бачурин. Александр Мишарин - заместитель министра транспорта Левитина. В сообщении Генпрокуратуры отмечается, что Мишарин, являясь представителем государства в "Красэйре", самоустранился от руководства компанией, а также от контроля ее финансового положения. Это привело к многочисленным задержкам рейсов перевозчика и нарушению прав пассажиров, которым из-за отложенных вылетов был нанесен моральный и материальный вред. Евгений Бачурин – руководитель Росавиации. Конфронтация Евгения Бачурина с министром Игорем Левитиным продолжается уже несколько месяцев. Это реакция на предложение Бачурина создать министерство гражданской авиации. Глава Росавиации утверждает, что кризис в отрасли достиг апогея, и Минтранс не вполне справляется с возложенными на него задачами по госрегулированию авиации.

Отношения между акционерами и наемным менеджментом: Что касается наемного менеджмента,то в ситуации перманентного конфликта крупнейших акционеров, попыток размывания и укрупнения пакетов акций различными способами, эффективность его миссии весьма затруднена и сомнительна.