Стандартная запись Swiss-Prot. Стандартные поля: entry, name, origin Название записи, уникальный идентификатор (ID), предыдущие идентификаторы соответствующей.

Презентация:



Advertisements
Похожие презентации
Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, gold standard белковой аннотации. Аннотация выполнена вручную группой профессиональных.
Advertisements

Структура курсов информатики и биоинформатики. Банки данных Архивные (примеры: PDB, GenBank) за содержание каждой записи отвечает её автор-экспериментатор.
Метаболические пути. БД KEGG. Метаболический путь – сеть ферментативных реакций, таких, что продукт одной реакции является субстратом другой. Принято.
Биоинформатика Область науки, в которой решаются биологические задачи с помощью вычислительных методов математики и информационных технологий.
Профессиональные банки последовательностей – UniProt, SwissProt, TrEMBL О.Занегина
Биоинформатика Исследование информационных процессов в биологических системах (клетках, органах, организме, популяции). Изучение и внедрение в компьютерную.
Молекулярный филогенез. ancestor descendant 1 descendant 2 Предположение: жизнь - монофилетична Любые два организма имеют общего предка в прошлом.
Что такое биоинформатика? Банк SwissProt С.А.Спирин 7, 8,10 февраля 2006 г., ФББ МГУ.
Ген-ориентированные базы данных и геномные браузеры Что такое ген-ориентированные базы данных? Самые простые примеры таких БД Примеры геном-ориентированных.
Комплексный подход для формального описания, графического представления и моделирования широкого круга биологических и других сложных систем Biosoft.Ru.
Что такое биоинформатика? Банк SwissProt С.А.Спирин 7, 8,10 февраля 2006 г., ФББ МГУ.
Microarray gene expression profiling analysis combined with bioinformatics in multiple sclerosis К. Федоров.
DNA vs. computer 1.Про 5-3 и всякую химию 2.Про банки данных (архивные vs. курируемые) 3.Святая троица EMBL – GenBank – DDBJ 4.Собственно EMBL, его разделы,
Регистрация в Университетской библиотеке on-line Пройдите по ссылке Регистрация.
Решение задач биоинформатики при помощи веб - и интернет - сервисов.
Выполнил: Сарбалаков А.К. Что такое биоинформатика? Исследование информационных процессов в биологических системах (клетках, органах, организме, популяции).
Pfam, ProSite, InterPro,... Банки структурной биологической информации GenBank, ENA(EMBL), DDBJ RefSeq Архивные базы последовательностей нуклеиновых кислот.
8370 журналов (на ноябрь 2012 г.) 4130 журналов – доступны для постатейного поиска статей Свободный доступ к полнотекстовым документам Удобный и.
The PIR-PSD current release 78.03, November 24, 2003, contains entries. 65 proteins The PIR was established in 1984 by the National Biomedical.
1 DIMITRI NOWICKI DEEEP LEARNING И БИОИНФОРМАТИКА.
Транксрипт:

Стандартная запись Swiss-Prot

Стандартные поля: entry, name, origin Название записи, уникальный идентификатор (ID), предыдущие идентификаторы соответствующей записи, даты первой и последней модификаций, распространенное название белка и его синонимы (EC номер для ферментов), название гена, организм и его таксономия, уровень подтверждения

Enzyme (ферменты)

NiceZyme View

UniProt - Taxonomy

Ссылки на статьи, использованные для аннотации

Комментарии

Возможные разделы комментариев

Cross-References

регистрация

3D-Structure (список структур)

Reactome - курируемая база знаний биологический путей html

GO terms Определение термина, синонимы, родительские (Hierarchy) и дочерние термины, ключевые слова, дата последней модификации Поиск гена или его продукта, BLAST, поиск по GO ID, просмотр онтологии

Cross-References, Keywords

KEGG Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes

KEGG (pathway viewer)

DrugBank

UniProt

Keywords

Сервер Expasy

Словарь ключевых слов

FASTA format Программа FASTA (1988, WR Pearson & DJ Lipman): >(the definition line)_уникальный_ID + короткое описание ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ БЕЛКА (ИЛИ ДНК) В ОДНОБУКВЕННОМ КОДЕ RAW format – без definition line

Базы данных Exp.Method Proteins Nucleic Acids Protein/NA Complexes Other Total На PDB

Базы данных OCA