Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, gold standard белковой аннотации. Аннотация выполнена вручную группой профессиональных. - презентация

1 Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, gold standard белковой аннотации. Аннотация выполнена вручную группой профессиональных экспертов на основе экспериментальной информации, описанной в научных статьях. Организована в 1986 году – SIB+EBI+PIR+GU = prof. Amos Bairoch На сегодняшний день – Release последовательностей Анализ белковых последовательностей: Swiss-Prot

2 UniProt DB UniProt = Swiss-Prot + TrEMBL (Translated EMBL sequence database) TrEMBL – Release sequences

3 Поиск белка в Swiss-Prot (по названию)

4 Advances search

5 Результаты

6 Выборка гомологичных белков

7 Сохранить в FASTA формате

8 Стандартная запись Swiss-Prot

9 Стандартные поля: entry, name, origin Название записи, уникальный идентификатор (ID), предыдущие идентификаторы соответствующей записи, даты первой и последней модификаций, распространенное название белка и его синонимы (EC номер для ферментов), название гена, организм и его таксономия, уровень подтверждения

10 NiceZyme (ферменты)

11 Taxonomy Browser

12 Ссылки на статьи, использованные для аннотации

13 Комментарии

14 Продолжение

15 Возможные разделы Комментариев

16 Cross-References

17 регистрация

18 3D-Structure (список структур)

19 Reactome

20 Полиморфизмы

21 2D GEL + курсор

22 Cross-References

23 GO terms Определение термина, синонимы, родительские (Hierarchy) и дочерние термины, ключевые слова, дата последней модификации

24 Cross-References, Keywords

25 KEGG

26 KEGG (pathway viewer)

27 DrugBank

28 Keywords

29 Словарь ключевых слов

30 Feature Table

31 Координаты в Feature table

32 Feature table, продолжение

33 Feature Table, продолжение Только экспериментальные

34 Feature Table viewer (Sequence Element viewer)

35 Feature aligner Можно построить множественное выравнивание подмножества этих элементов (ClustalW) или скопировать их в FASTA формате

36 Sequence

37 Sequence, продолжение

38 FASTA format Программа FASTA (1988, WR Pearson & DJ Lipman): >(the definition line)_уникальный_ID + короткое описание ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ БЕЛКА (ИЛИ ДНК) В ОДНОБУКВЕННОМ КОДЕ RAW format – без definition line

39 NiceProt view