Возможности Swiss PDB Viewer Якимов. 3D модель белка Различимы все атомы белка. Синие – положительно заряженные; Красные – отрицательно заряженные; Желтые. - презентация

1 Возможности Swiss PDB Viewer Якимов

2 3D модель белка Различимы все атомы белка. Синие – положительно заряженные; Красные – отрицательно заряженные; Желтые – отсутствие информации об аминокислоте в первичных данных и сообщение о том, что программа сама подобрала и вставила наиболее подходящую аминокислоту.

3 Каркас белка Различимы заряды атомов в каркасе.Различима вторичная структура белка. И там и там видна третичная и четвертичная структуры белка

4 Поверхность белка Поверхность «обкатывания»Ван-дер-ваальсовая модель

5 Электростатический потенциал ε=81

6 Окрашивание Вторичная структура Красные – спирали Желтые – складки Вторичная структура. Градиент от начала до конца (от синего к красному) Доступность Синие – АК внутри молеулы Красные – снаружи Проблемы. (несоответствие модели действительности) В-фактор Красные – подвижные в кристаллической структуре АК Тип Синие – основные Кислые - красные

7 Карта Рамачандра На карте показаны углы между аминокислотами. За синей чертой – область недопустимых значений. Между синей и желтой – допустимы, но с напряжением. Внутри желтой границы – допустимы. *Глутамин, выделенный зеленым отмечен на карте точкой.

8 Проблемы «проблемная» аминокислота не всегда лежит в запрещенной области.

9 Pow Ray

10 Фантазия… *(добавил 4 стеклянных шарика, красное и зеленое освещение, поменял фон) до после Немного обработки в Pow-Ray…