Суворова, Е.А. Тарасова, М.В. Куртуков, В.И. Людыно, А.Н. Суворов, ООО «НИЛ Диагностика», НИИЭМ СЗО РАМН, Военно- медицинская академия, Санкт-Петербург. - презентация

1 Суворова, Е.А. Тарасова, М.В. Куртуков, В.И. Людыно, А.Н. Суворов, ООО «НИЛ Диагностика», НИИЭМ СЗО РАМН, Военно- медицинская академия, Санкт-Петербург

2 Из каких микробов состоит кишечная флора? Как определить ее состав? Зачем это делать?

3 Наименование микроорганизмов Возраст, годы 60 Бифидобактерии Лактобактерии Бактероиды Энтерококки Фузобактерии

4

5 Наиболее распространенные обитатели кишечника (Zoetendal E., 2006)

6 Состав микрофлоры взрослого человека по ОСТ

7 Бактериологический посев Микроскопия Дыхательный тест Генно- молекулярные методы PCR/denaturing electrophoretic polyacrylamide gels (PCR/DGGE, PCR/TTGE) Fluorescent in situ hybridization/fluorescence-activated cell sorting (FISH/FC) 16S rRNA филогения Метагеномика Мета транскриптомика ПЦР в режиме реального времени

8 Бактериологическое исследование Исследование методом ПЦР в реальном времени Bacteroides spp. -+ Clostridium spp. (C. difficile, C. perfringens, C.butyricum) (+/-)*+ Fecalibacterium prauznitzii (основной представитель (C. leptum group) -+ Lactobacillus spp. ++ Bifidobacterium spp. ++ Escherihia coli ++ Патогенные микроорганизмы: Klebsiella pneumonia, Staphylococcus aureus, Pseudomonas aerogenosa, Proteus spp. и др. ++ Enterococcus spp. ++

9 + эффективность в обнаружении анаэробных бактерий + быстрота выполнения (1-2 суток) + доступные условия транспортировки анализируемого материала до лаборатории (до двух дней в холодильнике) - невозможность подбора противомикробных препаратов

10 - Bacteroides fragilis - Lactobacillus spp - Bifidibacterium spp - Escherichia coli Этапы исследования: 1.Выделение бактериальной ДНК 2.Амплификация специфических участков бактериального генома и детекция флуоресцентного сигнала в реальном времени 3.Расчет количественного соотношения бактерий по величине порогового цикла (абсолютное количество и отношение к общему бактериальному числу)

11 1. значительное увеличение числа Bacteroides fragilis и соответственно изменение количественного соотношения Bacteroides fragilis/ Fecalibacterium prauznitzii. Норма Патология (язвенный колит) - Bacteroides fragilis (Сt=23) - Fecalibacterium prauznitzii (Сt=25) - Bacteroides fragilis (Сt=16) - Fecalibacterium prauznitzii (Сt=28)

12 2. Выявление в диагностически значимых количествах (>10*4) представителей условно- патогенной флоры (Clostridium difficile, Clostridium perfringens, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumonia), в особенности штаммов, несущих гены патогенности 3. Изменение соотношения субпопуляций анаэробных бактерий, осуществляющих различные виды брожения (например, продуцентов бутирата и продуцентов пропионата)

13 Перечень возбудителей (всего 14) : -ротавирусы (типов А, В и С) -норовирусы (1 и 2 типа) -аденовирус (тип F) -астровирус -вирус гепатита А -парвовирус B19 -энтеровирусы -Shigella spp. -Salmonella spp. -Campylobacter spp. -энтероинвазивные Escherichia coli -Clostridium difificile (токсин А и токсин В) -Yersinia pseudotuberculosis -Yersinia enterocolitica