Инструкция Swiss PDB Viewer Выполнила: Магистрант 1 года Авсиевич Т. И.

Моделирование на основании гомологии для каждого белка был получен хотя бы один структурный гомолог (идентичность >30%)

Homology modeling Моделирование неизвестной структуры одного белка, на основании его гомологичности с другим, для которого структура доподлинно известна и подтверждена экспериментальным путем (Кристаллография, ЯМР)

ExPASY (Expert Protein Analysis System) Экспертная система анализа белков – протеомный сервер Института Бионформатики Швейцарии, который содержит еще несколько баз данных: SWISS-PROT TrEMBL PROSITE PDB

Подходы: Полностью автоматическое выравние последовательности шаблона и модели. Первичная последовательность белка моделируется путем добавления его в формате Fasta в Swiss-Model ( Оптимизация с помощью DeepView Олигомерное моделирование

Optimise (Project) mode 1) Загрузка файла моделируемого белка: File>Import>Grab from server SwissProt Seq или SwissModel>Load Raw Sequence Загрузка файла белка-шаблона: Edit>BLAST Selection vs. ExPDB или SwissModel>Find Appropriate [ExPDB Templates

Создание проекта моделирования Если загружается несколько образцов: Fit>Iterative Magic Fit Fit>Fit Raw Sequence Выравние модельной последовательности и построение 3D модели: Fit>Fit Raw Sequence Подгонка вручную: Alignment window Для модели, состоящий из нескольких субъединиц: SwissModel>Homo Multimer Mode

Loading a target sequence Загрузка последовательности моделируемого белка FastA: SwissModel>Load Raw Sequence Select a Text File SWISS-PROT: File>Import В окне Import вводится шифр, далее SwissProt seq

Загружаю файл в формате FASTA с PDB Открываем его как текстовый файл

1. Загрузка моделируемой последовательности (мишень)

2. Поиск гомологичной последовательности (шаблона) Выделяем все молекулы мишени Edit>BLAST Selection vs. ExPDB (связывается с сервером и подбирает гомологи) Кликните на файл для загрузки

3. Создание проекта модели Управление выравниванием между последовательностями модели и шаблона Будет создано выравние, по которому DeepViewer построит трехмерную модель В случае, если выбрано несколько шаблонов, то сначала для них выполняется функция суперпозиция – команда Fit>Iterative Magic Fit

4. Выравнивание последовательности мишени по шаблонам Fit>Fit Raw Sequence Если загружено более 1 структуры, то вы ранние идет по первой, а далее снужно ссылаться на слои Линии между аминокислотами – идентичны 2 точки – очень похожи 1 точка – мало похожи

Ручное управление выравниванием Окно Alignment Для вставки разрыва в последовательности используйте пробел Для удаления разрыва используется backspace Для перемещения аминокислоты или группы аминокислот используются клавиши вправо\влево

Для наиболее удобного управления используйте окно Graphic – разрыв в последовательности модели представлен длинной пептидной связью Alignment – энергетическая зависимость последовательностей (между аминокислотами)

Отправка результатов моделирования на

Cовершентствование модели Построенная 3D модель будет отправлена на почту в виде PDB файла Участки окрашенные голубым цветом – хорошее совпадение Красные участки – полностью достроенные, не точны

В зависимости от качества модели: Незначительная корректировка боковых цепей: Select>aaMaking Clashesвыбор аминокислотных остатков, находящихся на неадекватном расстоянии (например не соблюден Ван- дер-Ваальсов радиус) Tools>Fit Selected Sidechains Подбор лучшего расположения аминокислот Build>Build Loop or Build>Scan Loop Database Управление образованными петлями При значительных недостатках, моделирование повторяется

3 типа изображения Normal Боковые цепи, атомы, скелет и т.д. 3D-rendering Вторичная структура, поверхности Stereoscopic Стерео-изображение Display>Slab - сечение изображения

3D - изображение Display>Use OpenGL Rendering Отображаются Ленты и Поверхности

Render in solid 3D Отображаются боковые цепи

Управление изображением Preferences>Surfaces Изменять цвет, насыщенность поверхностей Preferences>Ribbons Цвет, форма, размеры и т.д. лент Preferences>3D Rendering Размер, цвет и сглаженность атомов

Стерео изображение Display>Stereo View red and blue